办理卫生许可证时，卫生行政部门主要检查以下几个方面：
卫生管理制度与人员设置
检查是否建立了完善的卫生管理制度，确保食品生产经营过程符合卫生要求。
检查是否配备了专职或兼职的卫生管理人员，这些人员应经过专业培训，具备相应的食品卫生管理知识和技能。
厂房、选址、布局设计与环境卫生
对厂房的选址进行评估，确保其远离污染源，符合食品安全的基本要求。
检查厂房的布局设计是否合理，能否满足食品生产经营过程的卫生需求。
对环境卫生状况进行细致的检查，包括厂房内外的清洁程度、通风换气设施是否有效等。
设施设备与运行情况
检查生产经营过程中所使用的设施设备是否符合卫生标准，如是否存在锈蚀、破损等问题。
对设施设备的运行情况进行测试，确保其正常运转且不会对食品造成污染。
健康检查
办理卫生许可证涉及到健康检查，包括内科检查、抽血、照片、留取大便、健康教育培训等。
主要检查是否有不能有的传染病，如肺结核、灰指甲、沙门氏菌、志贺氏菌、甲肝、戊肝等，以及肝功能方面的检查，如肠道致病菌、胸透、转氨酶、乙肝表面抗原检查等。
消毒与卫生设施
检查是否具备消毒柜、电冰箱、消防设备、紫外消毒灯、消毒池、清洗池、盥洗池等设施。
确保这些设施完备且运行正常，以保障食品卫生。
工艺流程和生产过程中的污染控制措施
检查工艺流程和生产过程中的污染控制措施是否到位，防止交叉污染。
从业人员健康检查情况
确保所有从业人员都持有有效的健康证，并每年进行健康检查，防止疾病传播。
