公司注销后，员工的处理方式主要依据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国公司法》以及相关的司法解释。以下是详细的处理步骤和依据：
申请仲裁和提起诉讼
员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求企业支付未支付的工资、加班费、经济补偿等。如果仲裁委员会不予受理，员工可以进一步向人民法院提起诉讼。
申请将公司股东列为被执行人
根据《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》，员工可以申请将公司的股东列为被执行人，要求其承担赔偿责任。
支付经济补偿和所欠工资
公司解散后应当支付员工经济补偿金，并支付所欠员工的工资、补助费用、社会保险费用。经济补偿的标准是按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准。
办理离职手续
员工应到人事部门领取离职清单，完成交接工作，归还相关物品，并与财务部门确认预支、欠款等。人事部门在员工离职日开具离职证明，并在15日内办理社保、档案转移手续。
优先清偿员工费用
如果公司有拖欠员工的工资和医疗、伤残补助、抚恤等费用，或者公司欠了依照法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金，则公司在优先清偿完破产费用和共益债务后，应对上述费用按照顺序向员工进行清偿。
未依法清算的后果
如果公司未依法进行清算，员工可以要求公司支付工资。根据《公司法》第一百八十六条，公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金、所欠税款、公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。
承认劳动关系的存在
即便公司出现被注销等失去合法经营资格的情况，只要劳动者与用人单位之间签订的不是违反法律强制性规定、违背社会善良风俗和社会公共道德的劳动合同，劳动者有权索取相应的劳动报酬、经济补偿或赔偿金。如果用人单位无力支付，出资人应承担民事责任。
建议
员工应积极维护自身权益：在发现公司注销后，员工应尽快采取行动，通过仲裁或法律途径要求支付未付工资和经济补偿。
收集证据：员工应妥善保存与工资、加班、离职相关的所有证据，以便在仲裁或诉讼过程中使用。
咨询专业律师：在处理此类问题时，建议咨询专业律师，以获得更具体的法律指导和帮助。
